Στην Περιφέρεια Κρήτης έχει συσταθεί και λειτουργεί Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου. Το τμήμα εσωτερικού ελέγχου υπάγεται απευθείας στον Περιφερειάρχη Κρήτης και έχει ως σκοπό να συνεισφέρει στην επίτευξη των στρατηγικών στόχων και στην εκπλήρωση της αποστολής του φορέα. Οι δράσεις και το πρόγραμμα ελέγχων του πραγματοποιούνται με την καθοδήγηση της Εθνικής Αρχή Διαφάνειας (ΕΑΔ)σύμφωνα με το Μνημόνιο Συνεργασίας που υπεγράφη το 2021 μεταξύ Υπουργείου Εσωτερικών, Εθνικής Αρχής Διαφάνειας και Περιφέρειας Κρήτης.
Η λειτουργία του εσωτερικού ελέγχου όπως αποτυπώνεται στον Ν. 4795/2021 είναι μια ανεξάρτητη, αντικειμενική, διαβεβαιωτική και συμβουλευτική δραστηριότητα, σχεδιασμένη να βελτιώνει τον τρόπο με τον οποίο ασκεί τις λειτουργίες του ο φορέας. Το τμήμα ακολουθεί μια συστηματική, επαγγελματική μεθοδολογία στην αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διακυβέρνησης, της διαχείρισης κινδύνων και του συστήματος εσωτερικού ελέγχου εν συνόλω. Αυτό επιτυγχάνεται μέσω της αντικειμενικής και εύλογης διαβεβαίωσης τις αποδοτικότητας των υπαρχουσών δικλίδων ελέγχου.
Έργο του τμήματος είναι να προσθέσει αξία στο φορέα παρέχοντας βελτιωτικές προτάσεις μέσω της διεξαγωγής διαβεβαιωτικών ελέγχων και να παράσχει συμβουλευτικές υπηρεσίες, σύμφωνα με το εγκεκριμένο ετήσιο πρόγραμμα εργασιών του, κατ’ εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας.
Στο παραπάνω πλαίσιο το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου, στελεχωμένο από πιστοποιημένους ελεγκτές, έχει πραγματοποιήσει τη διερεύνηση κινδύνων στις διευθύνσεις της κεντρικής υπηρεσίας της περιφέρειας, έχει εισηγηθεί το ετήσιο πρόγραμμα εργασιών του, έχει χαρτογραφήσει τις υπάρχουσες δικλίδες ασφαλείας στις κύριες διαδικασίες παραγωγής πράξεων με δημοσιονομικό αποτέλεσμα. Επιπλέον έχει καταρτίσει τον κανονισμό λειτουργίας του και έχει διενεργήσει τα πρώτα ελεγκτικά έργα παράγοντας προτάσεις βελτιωτικών ενεργειών προς υλοποίηση. Τέλος έχει θεσπίσει ετήσιο πλάνο στοχοθεσίας προκειμένου να μετρήσει και να βελτιώσει την ποιότητα των εργασιών του.